忍者という存在の発祥については様々な説がある。
日本国内各地に分かれ、いくつかの集団を形成していた。
中でも甲賀や伊賀を本拠としていた忍者集団は有名である。
これらの場所には多数の忍者屋敷があり、日々の訓練が行われていたと考えられる。
「甲賀」と「伊賀」は鎌倉時代にその領地の大半が荘園であった為、守護や地頭による支配を受けなかった。
しかし戦国時代になり荘園が崩壊すると、地侍が数十の勢力に分かれ群雄割拠した。
各地侍が勢力を保つため情報収集戦とゲリラ戦が日夜行われ、「忍術」が自然発生したのではないかと考えられている。
■くのいち■
現在女性の忍者のことを「くノ一（くのいち）」（“女”という文字を「く」「ノ」「一」と三文字に解体し呼称するようになった隠語表現）とする表現が一般的である。
異説として鼻、目、耳、へそ、肛門などの人体にある九つの穴（鼻は一つの穴と数える）に加え、女性は穴が一つ多いことから「九の一（くのいち）」として呼んだと言う説も存在する。
しかし穴の数え方が資料によってまちまちのため（例えば、へそではなく尿口を数えるなど）の説もあり、信憑性は今ひとつである。
また「くのいち」という呼び方自体が山田風太郎の創作とする説もある。
「くのいちの術」と言って女性を使った忍術は存在するが、忍者を題材にした映像作品や漫画作品などで登場するような女忍者は存在しなかったとも言われる。
しかし女忍者が女中になりすまし城に潜入したと言う記述も残っており、女中達の「女の噂好き」を利用した諜報活動でかなりの功績をあげていたとされる。
また史実に登場するくノ一で有名なのは、武田信玄に仕えた歩き巫女の集団がある。
■忍具■
忍者が用いる武器・道具。
・鉤縄
・くない - 「苦無」あるいは「苦内」とも表記される。
・手裏剣 - 手投げの刃物。形は棒状のものから十字型、円形のものまである。
通常、携帯していた数は一枚～多くても三、四枚のみ。
・忍刀
・撒菱 - 植物の種を使用したものは食用が可能であった。
・五色米 - 赤・青・黄・黒・紫の5色に染めた米。食用ではなく、仲間との連絡、つまり暗号として用いた。
■忍者八門 ■
（流派無関係にある必修科目）
・骨法術
・気合術
・剣術
・手裏剣術
・火術
・槍術
・遊芸
・教門